SPR 관련 자주 묻는 질문과 그에 대한 답을 확인해보세요.
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[NEW] Biacore Insight Machine learning이 무엇인가요?링크된 영상을 통해, Supervised machine learning for Biacore™ SPR analysis - a path for increased productivity 를 확인해보세요.
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[NEW] Biacore 실험에 필요한 consumables선택 가이드가 있을까요?링크된 페이지를 통해 Biacore consumables selection tool 을 확인해보세요.
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[NEW] Biacore를 이용하여 Epitope binning immunoassays를 측정할 수 있나요?링크된 페이지를 통해 Epitope binning immunoassays 측정에 대해 자세히 확인해보세요.
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Biacore 실험에서 어떠한 단백질을 고정화 하고 어떠한 단백질을 흘려줘야 하나요?Biacore 실험에서 chip 표면에 부착하는 물질을 ligand(리간드)라고 합니다.
리간드로 사용하면 좋은 조건은, Tagged protein, 단백질의 양이 적은 샘플, 순도가 높은 샘플, 분자량이 작은 단백질을 우선적으로 chip 표면에 부착을 하는 것이 좋습니다. -
SPR을 이용하여 막단백질의 친화력을 측정할 수 있습니까?네, 막단백질은 Detergent solubilization과 나노 디스크와 같은 다양한 방법 처리하여 측정이 가능합니다.
또한 detergent 없이 막 단백질 용해도를 유지하는 양친매성폴리머(amphipols)를 사용한다면, 바이오틴 태그를 활용하여 sensor chip SA로 캡쳐하여 실험이 가능합니다. -
기기 감도와 관련하여 BIACORE 8K는 BIACORE S200과 관련하여 어떤가요?Biacore 8K와 Biacore S200은 모두 매우 민감한 기기입니다. 분자량에 대한 하한선은 없으며 매우 넓은 동적 범위와 낮은 RU 수준에서 kinetics를 측정할 수 있습니다.
그러나 Biacore S200은 background noise가 약간 낮고 데이터 수집 속도가 40Hz입니다.
즉, Biacore S200에서 더 빠른 바인딩을 캡처할 수 있고 mRU 수준에서 더 나은 해상도를 얻을 수도 있습니다.
이러한 특징은 매우 낮은 리간드 고정화 레벨과 활성화가 적은 단백질인 경우에 유리합니다. 대부분의 응용 분야에서 두 기기는 감도와 관련하여 동일합니다. -
Biacore를 사용해서 fragment screening 을 수행 할 때 왜 높은 농도의 샘플을 사용하나요?fragment의 2차 상호 작용 및 기타 유형의 원치 않는 상호작용은 더 높은 농도에서 감지하기가 쉽습니다.
따라서 고농도에서 스크리닝 실험을 수행하면 프로세스 초기에 이러한 원치 않는 상호작용을 쉽게 식별 할 수 있으므로 후속 실험에서 시간을 절약할 수 있습니다. -
Biacore 실험에서 complex의 affinity(KD)와 analyte의 농도와는 어떠한 관계가 있나요?ligand 와 analyte의 친화력(KD)을 알면 결합의 평형농도, 즉 Complex의 50%가 형성이 되는 평형 농도를 알 수 있습니다.
예를 들어, KD=3.1 * 10^-9 이라고 하면, analyte의 농도를 3nM로 처리를 하게 되면, Rmax의 50%에 해당하는 RU에서 두 물질의 평형화가 된다는 의미입니다.
정확한 kd 측정을 위해서는 KD의 2배 정도가 되는 농도로 analyte로 처리를 해야 하고, Kinetics를 통한 kd/ka로 KD를 측정하려는 경우에는 0.1KD~10 or 100KD범위의 analyte 농도를 설정하는 것이 Data의 신뢰도를 높일 수 있습니다.
이러한 analyte처리 농도가 data의 신뢰도에 영향을 주기 때문에 KD를 안다는 것은 적당한 analyte 농도를 설정하는 것에 도움이 됩니다. -
Biacore를 잘 사용하기 위한 유용한 자료가 있을까요?Biacore 사용에 참고하실 수 있는 동영상을 공유 드립니다.
<Biacore 튜토리얼 동영상>
- Biacore™ Tutorial: Preparing your sensor surface for capture based coupling
- Biacore™ Tutorial: Preparing your sensor surface for direct covalent coupling
<Biacore™ T200 관련 동영상>
- Biacore™ T200 system tutorial: Instrument start up
- Biacore™ T200 SPR system: How to get started
- Biacore™ T200 system tutorial: How to set up a kinetic assay
- Biacore™ T200 system tutorial: How to evaluate a kinetic assay
- Sensorgram comparison evaluation workflow: Biacore™ T200 Software v3.0
- Biacore™ T200 system tutorial: Instrument maintenance
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이론적인 Rmax란 무엇일까요?고정된 리간드의 활성이 100%라는 가정하에 리간드와 분석물이 결합하였을때의 최대 RU 값을 Rmax라고 합니다.
Rmax를 구하는 식은 아래와 같습니다.
다시 말하면, 1:1 Binding model이라고 하면 최고 농도의 분석물을 주입하더라도 리간드와 분석물이 바인딩을 하여 나오는 RU가 Rmax 이상으로는 나올 수가 없습니다.
즉, 리간드와 분석물이 바인딩했을때 최고치의 RU를 Rmax라고 합니다.
- RL = Capture/immobilization level measured in RU.
- Rmax = Theoretical binding capacity of the surface.
- For kinetic measurements aim for Rmax < 30 RU.
- Sm = Stoichiometric ratio. If unknown, assume Sm = 1.